Výzkumné zaměření

Optimalizace a vývoj postupů pro MALDI TOF zobrazovací analýzu (MALDI IMS) v souladu s výzkumnými záměry, typem molekul a tkání jsou naší hlavní oblastí zájmu a styčnou plochou pro případné kolaborativní spolupráce. 

Zaměřujeme se také na vývoj a optimalizaci metod plynové chromatografie s hmotnostně spektrometrickou detekcí (GC-MS) pro stanovení těkavých metabolitů/markerů buněčných kultur, tkání a jiných biologických vzorků.

Výzkumné cíle

  • Využití MALDI TOF zobrazovací techniky pro analýzu neurotransmiterů v mozkové tkáni
  • Využití MALD IMS pro mapování nádorových proteinů v biologických tkáních
  • Využití MALDI IMS pro mapování farmak a jejich případných metabolitů v biologických tkáních
  • Využití GC-MS pro charakterizaci těkavých markerů zánětlivých onemocnění

Hlavní partneři

  • TGen, the Translational Genomics Research Institute, Patrick Pirrotte PhD, Assistant Professor and Director of Collaborative Center for Translational Mass Spectrometry.
  • Tel Aviv University, Department of Neurobiology, Dan Frenkel PhD, Laboratory Head, Assistant Professor.
  • University of Applied Sciences Technikum Wien, Andreas Teuschl PhD, Head of Competence Team SignalTissue.
  • Institute of Organic Chemistry and Biochemistry of the CAS, Mass Spectrometry Research-Service Group, Martin Hubálek PhD, Research Scientist.

Nabízené služby a expertízy

  • Vývoj MALDI IMS kompatibilních protokolů pro tkáně fixované formalínem a zalité do parafínu. 
  • Identifikace proteinů v komplexních bio-matricích.
  • Rel. kvantifikace proteinů.
  • (Ko)-IP-MS.
  • MALDI‐TOF MS profilování.
  • Základní analýza a interpretace MS dat.
  • Analýza těkavých metabolitů metodou GC-MS.

Vybrané publikace

  • Co-authorship in manuscript CIRCRES/2019/315980 submitted for publication in Circulation Research.
  • Vanickova L, Guran R, Kollar S, Emri G, Krizkova S, Do T, Zitka O, Heger Z, Adam V. 2019. Mass spectrometric imaging of cysteine rich proteins in human skin. International Journal of Biological Macromolecules. 125, 270-277. https://doi.org/10.1016/j.ijbiomac.2018.11.272.
  • Guran R, Vanickova LP, Horak V, Krizkova S, Michalek P, Heger Z, Zitka O, Adam V. 2017. MALDI MSI of MeLiM melanoma: Searching for differences in protein profiles. PLOS ONE. 12:1-15. ISSN: 1932-6203.
  • Lucie Vaníčková, Antonio Pompeiano, Petr Maděra, Tara Joy Massad, Petr Vahalík, Terpenoid profiles of resin in the genus Dracaena are species specific, Phytochemistry, Volume 170, 2020, 112197, ISSN 0031-9422. https://doi.org/10.1016/j.phytochem.2019.112197.

Ostatní vybrané výsledky

  • Vanickova L, Pavelicova K, Zemankova K, Pompeiano A, Mravcova L, Bendickova K, Kohoutkova HM, Fric J. Mass Spectrometry: Applications to the Clinical Lab 2019.
  • Vaneckova T, Vanickova LP, Pomorski A, Vaculovic T, Krezel A, Vaculovicova M, Adam V. 2019. Talanta. 198, 224-229. https://doi.org/10.1016/j.talanta.2019.01.089.
  • Tvrdonova M, Vlcnovska M, Vanickova LP, Kanicky V, Adam V., Ascher L., Jakubowski N, Vaculovicova M, Vaculovic T. 2019. Analytical and Bioanalytical Chemistry. 411 (3), 559-564.
  • Strmiska V, Michalek P, Lackova Z, Guran R, Krizkova S, Vanickova L, Zitka O, Stiborova M, Eckschlager T, Klajdus B, Pacik D, Tvrdikova E, Haase H, Adam V, Heger Z. Molecular Oncology. doi: 10.1002/1878-0261.12439. 

Členové týmu

  • Martin Eugenio Barrios-Llerena, Ph.D.
  • Mgr. Ondřej Polanský
  • Romana Vlčková
  • Mgr. Sabina Gomelská
  • Ing. Lucie Pompeiano Vaníčková, Ph.D.
  • Ing. Monika Siekelová
  • Mgr. Zuzana Trávníčková

Vedoucí

Martin Eugenio Barrios-Llerena, Ph.D.
Martin Eugenio Barrios-Llerena, Ph.D.
Head of CF
Phone: +420 54 318 511158281